高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計，是指注冊會計師接受擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的申報企業(yè)委托，對其近三個會計年度（實際經(jīng)營不滿三年的按實際經(jīng)營年限）的研究開發(fā)費用結(jié)構(gòu)明細表和近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品（服務(wù)）收入明細表進行審計，并出具專項審計報告。
如果申報企業(yè)近三個會計年度的財務(wù)報表（含資產(chǎn)負債表、損益表、現(xiàn)金流量表，實際年限不足三年的按實際經(jīng)營年限）未經(jīng)會計師事務(wù)所審計，應(yīng)同時委托進行財務(wù)報表審計。
1、凡擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)認定的企業(yè)，均需要進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計。
2、由于高新技術(shù)企業(yè)資格自頒發(fā)證書之日起有效期為三年，期滿前三個月內(nèi)企業(yè)應(yīng)提出復(fù)審申請，不提出復(fù)審申請或復(fù)審不合格的，其高新技術(shù)企業(yè)資格到期自動失效。
所以凡擬向有關(guān)部門申請進行高新技術(shù)企業(yè)復(fù)審的企業(yè)，均需要進行高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計。
認定（復(fù)審）合格的高新技術(shù)企業(yè)，自認定（復(fù)審）當年起可依照有關(guān)規(guī)定，申請享受稅收優(yōu)惠政策。
新審計包括年度審計和專項審計兩大類，共計5份報告，以25年申報為例：
1.近三年財稅審計報告（3份）
即對企業(yè)近三個會計年度（2022、2023、2024年）財務(wù)狀況進行審計，如歷史年度已有符合條件的年審報告，申請高新時各提供一份正本即可，無需重新審計。
例外：實際經(jīng)營不滿三年的企業(yè)可按實際經(jīng)營年限提供。
2.近一年高新收入專項審計（1份）
對企業(yè)近一個會計年度的高新技術(shù)產(chǎn)品收入、高新技術(shù)服務(wù)收入明細進行審計，并出具專項審計報告。
3.近三年研發(fā)費用專項審計（1份）
對企業(yè)近三個會計年度的研發(fā)費用明細、結(jié)構(gòu)進行審計，并出具專項審計報告
例外：實際經(jīng)營不滿三年的企業(yè)可按實際經(jīng)營年限提供。
四、高新技術(shù)企業(yè)認定專項審計多少錢
1.依據(jù)企業(yè)資產(chǎn)規(guī)模、收入總額、賬務(wù)情況及工作量確定審計費用
2.本項為高新認定關(guān)聯(lián)服務(wù)項目，由財務(wù)專家及常年合作事務(wù)所聯(lián)合服務(wù)，不單獨提供
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